Будущий преподобный (в миру Николай Дзанакакис) родился в крестьянской семье в селе Сирикари в западной части Крита. В 13 лет родители отдали его на обучение цирюльнику, жившему в городе Ханья. Тогда у него обнаружились первые признаки проказы.
В то время критяне ссылали прокаженных на полуостров Спиналонга, поэтому, когда в 16 лет его болезнь стала заметной, Николай уехал в Александрию, где продолжал работать цирюльником. Когда проказа стала распространяться на лицо и руки, один иерей посоветовал Николаю отправиться на остров Хиос, где был лепрозорий, устроенный прп. Анфимом (Вайяносом). Николай прибыл на Хиос в 1914 года в возрасте 24 лет. Там для Николая открылось поле деятельности для совершенствования добродетелей. Прп. Анфим постриг его в иноки с именем Никифор. Он выполнял работы в садах и огородах и был первым певчим в храме. Впоследствии из-за болезни Никифор потерял зрение.
За безграничное терпение и любовь к ближним Господь наделил Никифора даром пророчества и утешения страждущих. Когда 4 января 1964 года он скончался, от его мощей исходило благоухание. Многочисленные чудеса, происходившие по молитве святого, были записаны учеником преподобного отцом Евмением.